> ・サイトA,Bそれぞれのドメインでアクセスしたときに、スタイルシートの参照先を入れ替える（サイトデザインを変更する）

正式版は複数のドメインで利用は出来ません。EC-CUBEコミュニティ(eccube-comu) ですと、設定ファイルの直接書き換えで可能です。

その上でですが、ドメインから CSS を切り替えるのは、テンプレートの編集でも可能です。


> ・サイトAのドメインからアクセスした場合、サイトBの商品（カテゴリ、一覧）は表示されない。サイトBのドメインからアクセスしたときは、サイトAの商品は表示されない

標準機能では無いので、カスタマイズ実装になると思います。

複数設置とどちらが TOC 的に良いかは、微妙な線ですね。もう少し細かな状況・事情などで変わってきそうです。

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Seasoft
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