やり方はいくつかありますが、それぞれ一長一短なので、時間とお金と相談した方が良いと思います。

A、EC-CUBEを複数設置
一番安くて時間もかからないと思います。ただ、「カートをひとつにしたい」というクライアントの要望はかないません。

B、テンプレートだけ変える
そこまでカスタマイズせずに、アクセスしてきたドメインによってテンプレートを変える事が出来ます。ただ、裏は一緒なので、違うデザインでまったく同じコンテンツ、商品が表示されてしまいます。

C、ショッピングモール形式にしちゃう
がっつりカスタマイズ入ります。
その代わり一つのデータベースで複数のサイトを運営出来る様になるので、今後サイトが増えた時もスグ対応出来ます。また、サイト毎に商品、管理画面、コンテンツを用意する事が出来ます。

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