ご回答ありがとうございます。
回答を元に、再度ヒアリングしてみます。

> seasoftさん

> 正式版は複数のドメインで利用は出来ません。EC-CUBEコミュニティ(eccube-comu) ですと、設定ファイルの直接書き換えで可能です。

コミュニティというと、こちらからDLできるもので宜しいですか。
http://www.ec-cube.net/download/index.php

　今回は安定した提供が求められるようなので、自分のスキルと対応時間を考慮すると、お客様におすすめするのは少し難しいかもしれません。
テスト環境に落として参考にさせていただきます。

> tao_sさん

>A、EC-CUBEを複数設置
>B、テンプレートだけ変える
>C、ショッピングモール形式にしちゃう

Bについては、要件とちょっと違うかな、と思いましたので、対応としては、AかCを参考にさせていただきます。

カスタマイズは非常に魅力的なのですが、今回は開発ではなく、保守の一環として案件を受けてる様子があるので、予算と負荷を確認してから提案してみます。
ありがとうございます。