> index.phpの行ごとにに埋め込んでみればいいのでしょうか？

良いのでは?
それで、ネック部分をさらに参照先のファイルへと深く追いかけます。


> また、初期化のエラー対応は「/data/install.php」を削除ではなく他の方法がなにかあるのでしょうか？

削除はマズイような。初期配布のファイルを上書きが良いような気がします。

EC-CUBEコミュニティ(eccube-comu) でしたら、ファイル操作は必要ありませんが、正式版では DB 変更の場合、そういった対応が必要となります。

----------------
Seasoft
こちらでの投稿は、アイディア程度に留めさせていただいております。
個別案件の作業は有償で承っております。お気軽にご相談ください。