使用ポイントとの関係を何とかしようとするための仕様案です。

(案1) 現在の配送方法の選択により、支払方法の表示が決まっている。
使用ポイントの指定位置を、支払方法より上（前）の位置にし、
この部分の変更があった時点で、支払方法を再度表示し直す。
（表示し直しにより、選択中の支払方法が存在すれば、そのまま選択状態にし、なければ、注意を促し、未選択の状態にする。）

(案2) 現在の仕様だと、商品合計額で支払方法を絞り込んで画面表示している。
これはこれで、利用者にとっては、親切な仕様だと思います。
ただ、使用ポイントも考慮した支払方法となると、
確認画面に遷移するタイミングで利用可能な支払方法か判断することとなる。
なので、支払方法を絞り込まないで表示し、
遷移するタイミングで利用できない支払方法ならエラーとする。