引用：

的外れかもしれませんが、mbstring.languageと絡んでいるのかなぁと思ってます。

php_ini.incでは

　ini_set("mbstring.language", "Japanese");
　　：
　　：
　ini_set("mbstring.internal_encoding", CHAR_CODE);

となってますよね。

.htaccessに

　php_value mbstring.language Japanese
　　：
　　：
　php_value mbstring.internal_encoding utf-8

とした場合は効いているような。

mbstring.languageがPHP_INI_PERDIRなことと関係があるのかなと思ったんですが...（汗）

ちなみにphp.ini（マスター）は

　[mbstring]
　; language for internal character representation.
　mbstring.language = Japanese
　
　; internal/script encoding.
　; Some encoding cannot work as internal encoding.
　; (e.g. SJIS, BIG5, ISO-2022-*)
　mbstring.internal_encoding = EUC-JP
　　：
　　：

です。