引用：

該当の order_id は欠番になっているということでしょうか?
dtb_order_temp に情報は残っていますでしょうか?

引用：

EC-CUBE の決済モジュールの仕様は, shopping/complete.php の前で呼ばれる shopping/load_payment_module.php の中で処理を完結する必要があります.
上記の処理を行うためには, 決済モジュールの仕様上困難だと思われますので, 独自にカスタマイズした方が良いかもしれません.

引用：

関係あるような感じはします.
詳細なログを出力するように, GC_Utils::gfPrintLog() などをたくさん仕込んで, order_id が欠番になった場合, どのような状態だったかを追跡すると良いと思います.
特に, shopping/complete.php へ遷移したかどうかや, dtb_order テーブルの UPDATE が abort してないかなどをチェックすると良いと思います.