EC-CUBEの他の決済モジュールでもそうですが、おっしゃる通り仕様バグ？みたいな物があったと思います。

本来であれば、料金計算→受注一時テーブルに書き込み→オーソリ→受注テーブルに書き込み→仮売上→コミットorロールバック
となると思います。

オーダーIDが飛び飛びになるのは、新規のオーダーIDの取得方法が、
DBから最後のオーダーID取得→PHPで+1して新しいオーダーID作成→DBに最後のオーダーIDとして書き込み
となっている為だと思います。で、この際に確かテーブルのレコードの値を見ていなかったと思います。

あと、GMO-PGさんの仕様だったと思うんですが、決済リクエストを投げる度にオーダーIDを変えないといけなかった気がします。
以前独自にGMO-PGさんの決済モジュールを作成した際は、その為にオーダーIDを振り直す処理を入れた気がします。

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