私も上記の状態になりました。

EC-CUBE 2.4.2
MySQL 4.1.2

どこかのスレッドに、EC-CUBE2.4.3の治し方があったのですが、忘れたので、下記に抜粋させていただいた内容を記します。

状況：会員別集計を実行するとシステムエラーがでる
site.log抜粋：
SELECT COUNT(*) AS order_count, SUM(total) AS total, TRUNCATEATE((AVG(total)) AS total_average, order_sex FROM dtb_order WHERE create_date >= '2009/1/1 00:00:00' AND create_date < date('2009/02/01') AND customer_id <> 0 AND del_flg = 0 AND status <> 3 GROUP BY order_sex [nativecode=1064 ** You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'total_average, order_sex FROM dtb_order WHERE create_date >= '2009/1/1 00:00:00' at line 1]

原因：TRUNCATEATE((AVG(total)）となっており構文エラー　正しくは→TRUNCATE(AVG(total),0)
class[SC_DB_DBFactory_MYSQL]のメソッド[sfChangeMySQL]をSQL発行までに２重呼び出し（SC_Query->select内とSC_DbConn->getAll内）している
さらに、TRANCATE関数の第２引数[桁数（精度）]の指定が無い

対応方法：
SC_Query->selectの９４行目削除
// $sqlse = $dbFactory->sfChangeMySQL($sqlse);

SC_Query.phpは/data/class/ディレクトリにあります。