引用：===============================================
【変更前】class Services_JSON_Error extends PEAR_Error
【変更後】class Services_JSON_Error2 extends PEAR_Error
===============================================
の変更を行ったところ、該当エラーは出なくなりましたが、ログイン後の画面で「システムエラーが発生しました。大変お手数ですが、サイト管理者までご連絡ください。」と表示されるようになりました。
site.logには
USER_AGENT:Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 6.0; Windows NT 5.1; SV1; .NET CLR 2.0.50727; .NET CLR 3.0.4506.2152; .NET CLR 3.5.30729)

SELECT product_id, name FROM dtb_products WHERE product_id IN (SELECT product_id FROM dtb_products_class WHERE stock_unlimited IS NULL AND stock <= 0)
DB Error: syntax error

SELECT product_id, name FROM dtb_products WHERE product_id IN (SELECT product_id FROM dtb_products_class WHERE stock_unlimited IS NULL AND stock <= 0) [nativecode=1064 ** You have an error in your SQL syntax. Check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'SELECT product_id FROM dtb_products_class WHERE stock_unlimited]

インストール時に
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=5448&forum=10&post_id=26032#forumpost26032
と同じ現象が出ていたので、ソフトウェア要件を満たしていないのが原因かも知れません。
MySQLが4.0.27なので、MySQLを4.1以上に変更できるか確認してみます。