homan様

レスありがとうございます。

>そもそも666で書き出されるということは、
>必ずどこかでパーミッションの設定をしているはず・・・・・・ですよね、、？

EC-CUBE側のソースを追ってみているのですが、該当部分では、特に書き出し時に666にパーミション設定するような記述は見当たりません。
なので、私も通常なら、644で書き出されるはずで、別の会社のサーバの場合は、644で書き出されているので、666で書き出されるのは、CPIのサーバ側の設定でそうなっているからでは？と思い、問合せしたのですが、CPIのほうでは、EC-CUBE側の問題と言われて、ノーサポートという返答しかもらえませんでした。

解決策としては、仕様ということで飲み込んで、手動でFTPで都度パーミション変更するか、EC-CUBE側のソースで、明示的にパーミション設定するか、と言うことになるのでしょうが、EC-CUBEのソース側（コミュ版です）で該当箇所と思われる箇所または代替で処理できそうな場所にchmod()をかませて見ているのですが、パーミションは変更されないのです。
私の記述のどこかが間違っているのか（この可能性が一番怪しい；）CPIのサーバでは、chmod()が効かないかのどちらかだと思います。

自分で選定するなら、サーバの仕様を色々見ていると、CPIは使わないだろうなと思いますが、こちらは、既に別システムで運用しているサーバで、今からサーバの変更を言い出すのは、ちょっと難しいので･･･

悩む･･･デス。