>マウスオーバー

JSでマウスオーバーすると、重いですね；
私も今回ＪＳをトップページで多用したので、タダでさえ重いトップページが重くて重くて、、、（苦笑）

マウスオーバーに限って言うと、軽くするなら、CSSでのロールオーバー効果（背景画像でイメージを指定して、aとa:hoverで背景の入れ替え）が、良いのではないかと思います。


>またindex.htmlにあたるトップページはどこに配置されているのでしょうか。

これは、トップページのテンプレートのことでしょうか？
だとすると、
/data/Smarty/templates/default/top.tpl
です。

ページ全体は、同じ階層の、site_frame.tplをベースに、site_main.tplから順番にheader.tpl、footer.tplなどの共通パーツを読み込んでいます。
参考まで。