自己レスでスミマセン。
昨日の件ですが一旦削除する以外に方法はないかと色々眺めていたのですが、

sfCopyDir()の第４引数で上書きの制御が出来そうでしたので試してみました。

結果はそのままでは制御がうまくいきませんでしたが幾つか変更することでうまくできましたのでご報告します。

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/data/class/util/SC_Utils.php

1478行目　$mess = SC_Utils::sfCopyDir( $data_.'/', $des.$data.'/', $mess);

を

$mess = SC_Utils::sfCopyDir( $data_.'/', $des.$data.'/', $mess, $override);

に変更（第４引数の$overrideが抜けていたので追加）
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再帰の部分で第４引数が定義されていなかったので初期値=falseが適用されてしまい制御が出来なかった模様。


制御可能になったので以下も変更
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/data/class/pages/admin/design/LC_Page_Admin_Design_Template.php


164行目　SC_Utils::sfCopyDir($from_dir, $to_dir);

を

SC_Utils::sfCopyDir($from_dir, $to_dir,false,true);

に変更

第３引数はとりあえずfalse・第４引数はtrue（上書き許可)

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昨日の

SC_Utils::sfDelFile($to_dir);は削除しました。

これで一応スッキリしましたのでご報告まで・・