同じくeccube-comu-r18653をインストールし、マスタデータ管理にてマスタの更新を行いましたが、cacheディレクトリ内のファイル（.cache）が更新されませんでした。

ソースを追っかけてみると、どうもキャッシュを生成するロジックが抜けてるように思えます。
（間違えてたらごめんなさい）

registMasterData関数内でDBを更新していますが、その後にキャッシュには何も触れず処理が終わっています。
ですので、この関数内でcreateCache関数を呼び出したところファイルが正常に更新されました。

このやり方が正常な方法なのかは分かりませんが（別の処理でバグとなるのかも…）、とりあえずこれでキャッシュは更新されます。