ramrunさん、アドバイスありがとうございます。

/data/class/SC_Session.php
を確認してみたのですが、若干ソースの記述が違うようです。
（Versionちがい？）

データベースへ書込んでいる点や、削除フラグを立てる動きなど
は教えていただいたとおりの動きでしたので、この辺を重点的に
調べてみます。

もしEC-CUBEバージョン 1.3.0を使用している方で、何かわかる
ようでしたら情報をいただけると助かります。