michi88さんと原因は違うかもしれませんが、私もGodaddyへのインストールでつまずきました。手っ取り早い解決方法は

example.com/eccube-2.4.x/html/.htaccess を削除する。

でした。

ただ、このままだとインストール後、以下のようにカテゴリー登録ができないという症状に出くわします。

　http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=5899&forum=9&post_id=28377#forumpost28377

Godaddyのサポートへ電話で問い合わせた範囲では、PHP5の設定はホストルート（アカウントがadminなら）

　/home/content/a/d/m/admin/php5.ini (初期に無ければ新たに作成）

に削除前の.htaccessの内容を以下のように書き換えて、php5.iniに転写するということでした：

　　php_flag magic_quotes_gpc 0 ＃変更前の.htaccess
　　magic_quotes_gpc = off 　＃変更後のphp5.ini

私の場合は上記のmagic_quotes_gpcを含む6個のphp初期設定を書き加えて現在に至っています。サポートの示唆どうりにせっていしただけで、確固たる理由は分からないので、副作用が出るかと思います。いい加減ではありますが、その都度投稿させていただきます。

余談ですが、Godaddyへのインストールで一番つまずいたのは上記ではなく、データベースの設定でした。GodaddyではDBサーバが127.0.0.1(ローカルホスト）ではなく、リモート・サーバ：

　”データベース名”.db.12345678.hostedresource.com

になっていて、その上データベース名とユーザ名が同じです。こういうホスティング設定は初めてだったので混乱しました。

（因みにデータベース・ホスト、データベース名、データベース・ユーザ名が同じということはデータベース名が分かってしまうと簡単にハックされてしまうと言うことになってしまいます。「そんな筈は無いだろう」と思っていたため逆にデータベース設定の入力でつまずいてしまったのですが、そういう事情ですのでデータベース名はドメイン名やその他サイトに関連した用語からは連想できないものにした方が無難です。）

もし上級者の方がご覧になっているのであれば、是非ご教授お願いしたいのですが：

　1.　.htaccessの内容をphp5.iniに転写すつという解決方法はEC-Cubeの方針としてよいものでしょうか？まだ、問題には出くわしていないのですが、基本的に.htaccessのコメントに
　基本はphp_ini.incで設定するが、ini_setで反映されないものはここで設定する”
とありますので、元々php5.iniに書くという部分がこのコメントに反しているような気がしています。

　2. 本来Godaddyの問題だと思いますが、ホスティング・ルートのphp5.iniを書き直すということは、1ホストで複数のドメインをホストする場合、他のドメインアプリ、例えばDrupalやXoopsの設定とぶつかる可能性があるということです。ですのでなるべくドメインルート以下での再設定が望ましいと思うのですが、何かうまい回避の方法、またはヒントでもないものでしょうか？

以上、何かのご示唆があれば幸です。