こんにちは。
海外サーバでは、PHPがCGIモードで起動しているというのは、よくあるようです。
私も、最初苦労しましたが、海外では海外の標準みたいな仕様があって、一度解決すれば大体その応用で動作可能なようです。

簡単にですが、設定方法を下記に記載しておきます。


PHPがCGI版で動作しているのであれば、HTACCESSファイルでは、PHPの設定の上書きはできないため、ユーザーが自分のカスタムPHP.INIファイルでそれぞれ設定を行うことになります。
php5.iniの元ファイルを変更する必要はなく、個別のディレクトリごとにphp.iniファイルを設置することで、動作できるようになるサーバがほとんどです。

ここで留意点は、PHPがapache版でHTACCESSでphp初期設定の上書きを行う場合は、ユーザーはルートのディレクトリとmobileのメインディレクトリにそれぞれ設定事項を書いたHTACCESSファイルを1つずつ配置すればいいのですが、PHPがCGI版でphp.iniで設定を行う場合は、EC-CUBEの/html/ディレクトリ以下の、phpファイルがあるすべてのディレクトリにそれぞれ、php.iniファイルを置いていいかなければならないということで、これは結構面倒。
もう１つ、さらにphp.iniがユーザーごとにメインディレクトリに1つしか設定できないサーバーがあります。
EC-CUBEでは、携帯サイトのディレクトリで別のphp.ini設定が必要になるのですが、この場合は、＝それが利用できないということなので、携帯サイトの個別設定ができないということになり、そのサーバではPCと携帯両サイトの運用は適さない、ということになります。
扱いやすいのは、apache版PHPのサーバーでHTACCESSファイルでの設定ができるサーバです。
ただし、PHP自体の動作はCGI版のほうが速いとか･･･海外では、CGI版がほとんどですしね。。。

また、余談ですが、URLをSEO対策して静的HTML化するカスタマイズを行いたいのであれば、HTACCESSでMOD_REWRITEが使用できることも合わせて確認しておくと良いです。


こちらはCGI版の場合のphp.iniの設定についてです。
設定する内容は「.HTACCESS」ファイルの場合と同じ。
CGI版ではHTACCESSでのPHP設定の上書きができないため、php.iniで設定する。また、同様に、設定する値は自分の使用しているサーバーのデフォルトの値と矛盾するものだけセットすればいいです。
/html/の、phpスクリプトファイルが存在する全てのディレクトリに、「php.ini」ファイルを作成して、下記内容で保存。(※ルートのphp.iniだけ設定すれば良いサーバもあるが、mobileのほうではどのみち個別に設定しなければいけない）

#基本はphp_ini.incで設定するが、ini_setで反映されないものやWPとの共存で困るものはここで設定する

mbstring.language= Japanese
output_handler= mb_output_handler
mbstring.encoding_translation= 1
magic_quotes_gpc= 0
#session.use_cookies= 0
#session.use_trans_sid= 1
mbstring.internal_encoding= UTF-8
upload_max_filesize= 5
date.timezone= Asia/Tokyo

/html/mobile/にも同様に、「php.ini」ファイルを作成して、下記内容で保存。

mbstring.encoding_translation= on
output_handler= null
variables_order= EGPS
session.auto_start= off
session.use_trans_sid= on
date.timezone= Asia/Tokyo


その他、海外サーバで気をつけることは、サーバのタイムゾーンが、その地域のものになっていて、timezoneの設定をphp.iniで変えられないサーバの場合、EC-CUBEの注文日時などが、そのサーバのタイムゾーンで記録されてしまうということ。
後は、インストールの前に、データベースの文字コードをUTF-8にセットしなおしておかないと、文字化けします。（欧米のサーバは、DBの文字コードセットが、LATIN-1です；）

これくらいです。
面倒ですが、上記の設定を一通り覚えれば、海外のおよそのサーバでは何とかなることが多いです。
goDaddyは私もドメインのほうは利用していますが、ホスティングは利用していないので、EC-CUBEが利用できるサーバかどうか各章はないのですが、確か前に動作テストまではやってみたことがあったと思うので、使えるのではないかと思います。この辺り記憶があいまいで･･･

よかったら参考にしてみてください。
ではでは！