もちろん、ホスティング会社には連絡いたしました。

常にDBに負荷をかけている訳ではなく、phpmyadminアクセス時のSELECT文の処理結果の違いでなかろうかと言う事です。

確かに、KEN_ALL.CSVのデータは特に京都府辺りに一貫性がなく、

26103,"60112","6011255","キョウトフ","キョウトシサキョウク","カミタカノヒガシヤマ(55、57-6、64、65、71-1、71-21、","京都府","京都市左京区","上高野東山（５５、５７−６、６４、６５、７１−１、７１−２１、",1,0,0,0,0,0
26103,"60112","6011255","キョウトフ","キョウトシサキョウク","72、189、189-1バンチ)","京都府","京都市左京区","７２、１８９、１８９−１番地）",1,0,0,0,0,0

のように同じ郵便番号で複数行に渡って記述されている場合などもあります。

このため、１件として数えたり、２件になったりするのでないかと…。

今回はタイムアウトの時間を変え、最終的に12万件程のレコード数の登録が終わり、最終行のレコードも一致しているので、登録は終わっているのだと思います。

お騒がせいたしました。