また明日調べてみますが・・・
そろそろ私のようなPHP初心者には限界のレベルです。

有識者の今後の改収を期待して、キャッシュが残る可能性のある関数を展開しておきます。

PHP4,PHP5系

stat(), lstat(), file_exists(), is_writable(), is_readable(), is_executable(), is_file(), is_dir(), is_link(), filectime(), fileatime(), filemtime(), fileinode(), filegroup(), fileowner(), filesize(), filetype(), および fileperms().

参考ソース元：
http://php.net/manual/ja/function.clearstatcache.php

ECキューブでどれを使っているかまでは、調べておりませんがログ処理など頻繁に行われる箇所で使われている場合は注意する必要がありそうです。