読む込み位置とは、headタグ等でjsを呼び出す記述のことかと思いますが、そもそもその記述をされていますか？

↓例えばxxxx.jsを使用する場合は以下
<script type="text/javascript" src="/user_data/packages/default/js/xxxx.js"></script>

この記載を該当のページ上に追記しなければ、他のjsとの干渉以前の問題かと思います。

もし、されているようでしたらまずは他のjsの呼び出す順番を変えるなり、topページに必要のないjsはとりあえず外して動作確認するなどで大抵は解決するかと思われます。