過去ログにも書いてあるとおり不具合では無く、あくまでも１計算方法による求め方であり、正しい挙動です。
現在の仕様は「顧客が得してショップが損する」という計算方式を採用しています（大手量販店でもこの計算方法を採用している所は多いです）。仕様を変えると「顧客が損する場合があって、ショップは必ず損しない」という風にも出来ます。

計算式を言葉に直すと

となります。参照先にあるとおり「 購入商品の合計ポイントから利用したポイントのポイント換算価値を引く」というルールです。
これがどのような場合に付与ポイントが変わるか、言葉でイメージ出来ない場合、実際に2商品買った場合にポイント利用をどのようにしているか計算をしてみると分かりやすいと思います。

また、この計算方法が問題あるショップの場合は、別の方式にカスタマイズする形になります。

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