すでに解決済みでしたらいいのですが、私も同じような状況で、海外サーバー使用で受注日などに時差が出てましたので、解決できた方法を記載しておきたいと思います。

EC-CUBE 2.11です。

/data/class/SC_Query.php 内の73行目以下 ３か所に
$this->conn->query("SET TIME ZONE '+9'");
を追加したら、受注日などが修正されました。

("")内の構文につきましては、私はPostgreSQLを使っておりますので、MySQLならばMySQL用の構文に書き直して下さい。（+9も、時差時間数ですがPostgreの記載方法ではないかと思いますので…）
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if ($new) {
$this->conn = MDB2::connect($dsn, $options);
$this->conn->query("SET TIME ZONE '+9'");
} else {
$this->conn = MDB2::singleton($dsn, $options);
$this->conn->query("SET TIME ZONE '+9'");
}
if (!PEAR::isError($this->conn)) {
$this->conn->query("SET TIME ZONE '+9'");
$this->conn->setCharset("utf8");
$this->conn->setFetchMode(MDB2_FETCHMODE_ASSOC);
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ただ、私はデータベースなどあまり詳しくありませんので、もしこの内容を詳しい方が見られて、記述したことにより弊害が起こる可能性があるのでは？と思われたならばご指摘いただければ幸いです。