該当の原因が「キーに空文字を利用」することなのであれば、
空文字を利用しないよう修正することにより、回避できるかもしれませんね。

DB値のNULLを空文字としてるというようなものではなく、EC-CUBE側のコードで空文字を設定してるみたいなので、SC_Product.phpのsetProductsClassByProductIdsと、products.jsまわりを少々カスタマイズすれば、検査は別として動作確認ぐらいは取れるかと思います。