ぶらさがりですが、今回このスレに助けていただいて
サーバアップが成功しましたので、
私もどたなかのお役に立つかもとコメントいたしました。

4か月ほどローカルでカスタマイズしたもの（商品も多数登録済み）を、
アラタナECCUBEのサーバーにアップしました。
導入時のマニュアル的なものが一切なくサポートは有料、
窓口の営業の方はフランクで素早い対応はいいけど細かい話は聞けず、
素人にはとても苦しい作業になりました。

このサーバは、「ECCUBEが最初からインストールされている」
のもウリの一つですが、そのインストールされているものの
どこを上書きしてどこを書き変えてはいけないか、
というのも分からずむしろタイヘンでした。

（公式のEC-CUBEクラウドに問い合わせたときは
　すでにカスタマイズしたものをアップするのはかなり大変なのでNGと言われ、
　アラタナは電話で軽く大丈夫と言われたけど実際の手順は自分で検索。。。）

前置きが長くなりましたが、
実際に私が踏んだ手順はだいたい以下の通りです。
ヌケモレもあるかと思いますし、もっとよい方法があると思いますが、
ちょっとでもどなたかのお役にたつことがあればと思います。


１．FFFTPをインストール

　使い勝手がなかなかつかめず、ローカルでまず練習しました。
　このページを参考にマスターパスワード設定したりもしました。
　⇒http://sourceforge.jp/magazine/11/11/29/1114206/2

　FFFTPで.htaccessが見えない件はこのページを参考に。
　⇒http://blog.sugulab.com/?p=3490

　最初フォルダごと転送ができなかった（サブフォルダの中身が転送されない）
　のは、ホストの設定の高度タブのNLST -Rを使って高速に再帰検索の
　チェックマークを外して解決
　⇒http://www2.biglobe.ne.jp/~sota/ffftp-qa/qa-13.html

２．テスト環境のフォルダと、本番環境のフォルダを全部コピー（ダウンロード）してバックアップ

　今回本番環境にはすでに「data」「html」が入った状態でした。

３．本番環境へ「data」「html」データをごそっとアップロード

　このページも参考にしてみましたが、
　「svnの.svnフォルダ」「ec/install/index.php」などよく分からず・・・
　⇒http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=flat&order=ASC&topic_id=7473&forum=2

　私の場合上書きしなかったのは以下だけです。
　たぶん、ちゃんと動いてると思います。
　・.htaccessファイル
　　（サーバ会社で追加したらしい記述があったので）
　・fukapさんの指摘されたconfig.php
　　（最初書き換えてしまってエラー、このスレ発見して元に戻しました）

４．テスト環境のDBを、テーブルごとに全部エクスポート

　テーブル、124コ。。。
　うち、mtbはほとんど修正する箇所がなかったのですが
　dtbのカラムを増やしているものなどいくつかあったので
　テーブルごとにやりました。かなり地道な作業でした。
　ほんとはきっと、もっとよい方法があるはずだと思います。

５．エクスポートしたものをテーブルごとに本番環境にインポート

　本番環境のDBは、すでにテーブルと初期データが入った状態で渡されました。

　そのままテストDBのデータをインポートしようとしたらエラーが出たので、
　まず本サイトのデータもエクスポートしてバックアップとって、
　いったん本サイトのデータを削除し、そこにインポートしました。テーブルごとに。。。

　テスト環境と同じにしなかったのは、以下です。
　・dtb_member
　　（管理者のログインIDなどがあるので）
　・dtb_session
　　（サーバ会社が何かやった記録かもしれずよく分からなくて)

　mtbデータで修正したのは以下です。
　・mtb_product_list_max
　　（私は横並び商品プラグインを入れて、一覧表示する件数を変更していたので）

　以上、ぜったいもっとよい方法があると思いますが、
　いちおう・・・参考までに。


「ごそっとフォルダごと」をやったせいか、
いくつかデータがうまくコピーされてない部分もあったのですが、
だいたいこんな感じでできました。


＞テスト環境
EC-CUBE　2.12.2
XAMPP1.7.7
PHP 5.3.8
MySQL 5.0
phpMyAdmin 3.4.5

＞本番環境
EC-CUBE　2.12.2
サーバ：アラタナECCUBEのサーバー
MySQL 5.5.22
phpMyAdmin 3.5.6