fukuti様
スレッドにコメントを頂きました皆様

自己レスになります。
遅くなりましたが、（大変つたないコーディングで恐縮ですが）動作確認をいたしました。
以下に修正した内容を記します。
また、確認は以下環境で行いました。

[EC-CUBE]　2.11.1　正式版
[レンタルサーバ]　なし（開発用のXAMPP 1.7.4）
[OS]　Windows7 Professional
[PHP]　PHP 5.3.5
[データベース]　MySQL 5.0.7
[WEBサーバ]　apache 2.2.17
[ブラウザ]　Firefox 4.0

LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php
function registerProductClassのforループ内

　　for ($i = 0; $i < $total; $i++) {

　　　　// 更新フラグ初期化
　　　　$work_flg = 0;

　　　　　　　　・
　　　　　　　　・
　　　　　　　　・

　　　　$class_combination_id = $arrExists[$arrList['product_class_id'][$i]]['class_combination_id'];

　　　　// 更新判定（fukuti様の修正手順１）
　　　　if( ! empty( $arrList['product_class_id'][$i] ) ) {

　　　　　　$work_flg = 1;
　　　　　　// product_class_idを退避
　　　　　　$work_product_class_id = $arrList['product_class_id'][$i];

　　　　}

　　　　$existsCombi = $objQuery->getRow('*', 'dtb_class_combination',
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　'class_combination_id = ?',
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　array($class_combination_id));

　　　　　　　　・
　　　　　　　　・
　　　　　　　　・

　　　　$arrPC['create_date'] = "now()";

　　　　// dtb_products_class_product_class_idの退避と置き換え（fukuti様の修正手順２，３）
　　　　if ( $work_flg == 1 ) {

　　　　　　$arrPC['product_class_id'] = $work_product_class_id;

　　　　}
　　　　else {

　　　　　　$arrPC['product_class_id'] = $objQuery->nextVal('dtb_products_class_product_class_id');

　　　　}

　　　　/*
　　　　* チェックを入れない商品は product_type_id が NULL になるので, 0 を入れる
　　　　*/
　　　　$arrPC['product_type_id'] = SC_Utils_Ex::isBlank($arrPC['product_type_id']) ? 0 : $arrPC['product_type_id'];

　　　　// INSERT（fukuti様の修正手順４）
　　　　$objQuery->insert("dtb_products_class", $arrPC);

　　　　// シーケンスを元に戻す（fukuti様の修正手順５）
　　　　if ( $work_flg == 1 ) {
　　　　　　// シーケンスを元に戻す
　　　　　　$arrPC['product_class_id'] = $objQuery->nextVal('dtb_products_class_product_class_id');
　　　　}

　　}

この内容で動作確認したところ、別途以下のような現象が起こりました。

１）商品受注後に規格を変更して受注管理画面から受注内容を確認する
　　　→　修正内容のおかげで商品が見える状態になっている

２）商品が見える状態から別途、規格のない商品の追加を行う
　　　→　正常に追加される

３）追加後に、規格のある商品を削除する
　　　→　正常に削除される

４）削除後に再度、規格のある商品を追加する
　　　→　商品は追加されるが、本来規格がない商品の方に、規格のある商品の規格内容が表示されてしまう

どうも、うまく商品の規格情報が引き継がれていないようです。

また、以下の別スレッドにもコメントいたしましたが、下記修正内容は適用済みの状態です。
「受注管理からの商品の追加」
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=8250&forum=9&post_id=39993#forumpost39993

に記載があったhttp://svn.ec-cube.net/open_trac/ticket/1319

ご教授頂ければ幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。