面倒がらず過去ログをちゃんと読みましょう。

引用：


日本郵便ページで全国一括zipをダウンロード
↓
「KEN_ALL.CSV」をアップロード
↓
「KEN_ALL_utf-8.CSV」削除
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現在の郵便番号データ内容を消去する(mtb_zipテーブル)
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空になったら、管理画面へログインし、「基本情報管理」 -> 「郵便番号DB登録」をクリック

あとはタイムアウトしなければ行くでしょう。