あまり詳しくないですが・・・
http://symple.jp/114.html

上記サイトにて、解説されている内容をみるにEC-CUBEにて影響がでると思われる箇所は・・・

?UID にて加入者認証を行っている場合、サイトへのログインが出来なくなる
→携帯のログインで、簡単ログインというような機能はEC-CUBEにもありましたが、それは機能しません。
(現在も使用されているかまでは、調べてません)

?SSL 認証において、弊社端末からのアクセスが許可されず、サイトへのアクセスが不可能となる。
→GW中継SSL、自身で中継コードを記載していたのであれば、影響大です。自動でまかせていたのであれば、ブックマークが利用できなくなる程度です。

具体例：
https://www.foo.com/hogehge.html
↓上でアクセスした際、ソフトバンク携帯では自動的に、以下のアドレスに書き換えられます。
https://secure.softbank.ne.jp/www.foo.com/hogehoge.html

・このページをブックマークしていたら、利用できなくなります。
・これを自動(中継サーバまかせ)ではなく、手動で書き込んでいたらリンクエラーになります。
・デフォルトではEC-CUBEのSSL遷移は、非SSLへの遷移がほぼなかった為、SSLサイトをブックマークしているユーザは多いと思われます。


?2G の絵文字コードを使用している場合、3G 移動機で文字化けする。
→絵文字(機種依存文字)使うなということです。まぁこの業界では一般的に文字化けの影響となる絵文字を使うのはご法度なので、特別影響が出る箇所はないかと思われます。
「登録」や「問い合わせ」で絵文字使うようなユーザがいたら、当たり前ですが化けます。


その他として・・・

EUC-JPあるいはISO-2022-JPで、EC-CUBEのサイトを組んでいたらPost値が化ける可能性が高い為、諸所で問題が出るでしょう。

メルマガでリッチテキスト形式(HTMLメール)を利用していたのであれば正しく動作するか？は、一括送信する前にチェックした方がいいかもしれません。