投稿者です
書き込み遅れましてすみません
返信ありがとうございます

habuさんのご指摘ありましたが、1点前提事項を記載わすれておりました。
決済モジュール
PGマルチペイメントサービス決済モジュール
を導入しておりました。
支払い方法は
・クレジット決済（上記モジュール）
・銀行振り込み
で実装しておりました。
ただ、取り急ぎの問題回避方法がわかったので記載しておきます

[直接の原因]
上記条件で同じブラウザで2回以上連続購入すると、
注文購入完了後に$_SESSION['order_id']が初期化されない
このため、次に購入するときに前回の購入情報が無効とみなされて前回の注文情報にdel_flgが立ってしまう。
GMOモジュールを入れると、LC_Page_Ex.phpが書き換わり
オーバーライドの処理が追加されており、この中で一応
$_SESSION['order_id']
を初期化しているような記述はあるのですがなぜか正常に初期化はされていませんでした。

[回避した方法]
⇒SC_Helper_Purchase_Ex.php
のcleanupSessionImpl関数内で
unset($_SESSION['order_id']);
を追加。購入終了時に実行されているので余り影響はないとはおもいますが。。。

でこの現象が解消されて、今の所は他に影響は発生していないように見えます。