私もzen-cartから乗り換えしたクチですので・・・

テーブルとおっしゃるのは、運営されているサイトのトップページにある
「9つの画像つきリンク」の事でしょうか？

もしそれでしたら、
EC-CUBE（ver.2.11）管理画面のメニューから
デザイン管理 ＞ PC ＞ ページ詳細設定 を選び、
「TOPページ」項目のページ詳細欄にある「編集」をクリックして、
HTMLにてTABLEタグなどを記述して作成してください。

zen-cartでここまで作られたスキルをお持ちでしたら、
問題なくできると思います。

個人的な感想としましては、
ページデザインの変更のしやすさは、
EC-CUBEに軍配が上がると思います。
（zen-cartはページデザインのコードに癖がありすぎるので・・・）

お互いがんばりましょう！