エラーは私の環境では確認できませんでした。
チェンジセット20993にて、FPDFとFPDIのバージョンが上がっています。
関係してきませんか？

FPDF 1.6 -> 1.7
FPDI 1.4 -> 1.4.1

http://svn.ec-cube.net/open_trac/changeset/20993

ちなみに文字潰れの件については、
平均的な解像度と思われるレーザープリンターで印刷してみましたが、
確かに画数の多い漢字の隙間がつぶれてしまっていて、
人によっては気になるところかもしれないと思いました。

環境は以下の通りです。

EC-CUBE 2.11.2　クリーンインストール
サーバーOS Linux xxx.jp 2.6.18-194.26.1.el5 #1 SMP Tue Nov 9 12:54:20 EST 2010 x86_64
DBサーバー PostgreSQL 9.0.4
WEBサーバー Apache/2.2.3 (CentOS)
PHP 5.3.7 (Core, date, ereg, libxml, openssl, pcre, zlib, bz2, calendar, ctype, hash, filter, ftp, gettext, gmp, SPL, iconv, Reflection, session, standard, shmop, SimpleXML, sockets, exif, tokenizer, xml, apache2handler, apc, curl, fileinfo, gd, json, mbstring, mysql, mysqli, PDO, pdo_mysql, pdo_pgsql, pdo_sqlite, pgsql, Phar, zip, mhash)
GD 有効 (GD Version => bundled (2.0.34 compatible), FreeType Support => 1, FreeType Linkage => with freetype, T1Lib Support => 1, GIF Read Support => 1, GIF Create Support => 1, JPEG Support => 1, PNG Support => 1, WBMP Support => 1, XPM Support => 1, XBM Support => 1, JIS-mapped Japanese Font Support => )
HTTPユーザーエージェント Mozilla/5.0 (Windows NT 5.1) AppleWebKit/535.1 (KHTML, like Gecko) Chrome/13.0.782.215 Safari/535.1