>index.tplとstatus.tplのtotalをpayment_totalに変更したところ、>ステータス管理の購入金額は値引き後になっているのに受注管理画>面では値引き後の金額が出ません。

こちらで確認した限りでは、値引き後が表示されますね。
テンプレートのキャッシュファイルを一度削除して試してみてもらえませんか。


>どのファイルをいじればいいのかわかりません。

同ディレクトリのdisp.tplになります。