既に修正済みならすみません。見当たりませんので一応。

メールサーバをWebサーバとは別に設定（PEAR利用）した場合、
機種依存文字を使わなくても高い確率で文字化けします。
（※稀に文字化けを起こさない事あり）

メールテンプレート（登録時）と、送信されたメールそのものが文字化けします。

DBの照合順序をutf8-general-ciにしてみましたが、「〜」が「?」に化けなくなるだけで、文字化けするときには文字化けしてしまいます。

新しいバージョンでは解決済なのでしょうか。
また、バージョンを上げずに解決する方法がありましたら教えてください。